申请注册安全工程师证的流程如下:首先,申请人需要向聘用单位提出申请,并经聘用单位同意后,将全部申请材料报送给省级、部门注册机构或国家安全监管总局认可的中央企业总公司。然后,省级、部门注册机构会受理申请材料,并向申请人出具书面凭证。如果申请材料不齐全或者不符合要求,注册机构会在5个工作日内告知申请人需要补正的内容。接下来,注册机构会将初审意见、申请注册人员汇总表和全部申请材料报送给安全监管总局。安全监管总局在收到初审材料后,会在20个工作日内完成复审并作出书面决定。如果通过注册,安全监管总局会在10个工作日内在公众媒体上公告,并颁发执业证和执业印章;如果不通过注册,安全监管总局会书面说明理由并告知申请人。根据具体情况,申请人可以选择不同的初审机构,如其他部委管理、中央企业集团、应急管理部直属事业单位或省级初审机构。在选择初审机构时,需要考虑聘用单位的情况和个人所从事的业务。最后,申请人需要按照相关要求准备申请材料,并确保材料的完整性和符合要求。