内蒙古二级消防工程师证书注册的流程包括申请、受理、审批和发证等步骤。申请人应通过聘用单位向本单位所在地的省级或地(市)级公安机关消防机构提交注册申请材料。公安机关消防机构收到注册申请材料后,将进行受理并出具受理凭证。省级公安机关消防机构对申请人条件和注册申请材料进行审查,并在规定期限内作出注册决定。最终,省级公安机关消防机构将领发相应级别的注册证、执业印章,并向社会公告。对于不符合注册条件的申请人,将出具不予注册决定书并载明理由。内蒙古二级消防工程师证书注册的流程严格执行,申请人需按照规定的步骤完成注册手续。