内蒙古二级消防工程师证书注册的申请人应当在取得证书之日起1年内提出申请。申请流程包括向聘用单位提交注册申请材料,公安机关消防机构受理申请并审批,最终领发注册证、执业印章。具体流程为:提出申请→受理→审批→发证。申请人需准备好相关材料,保证申请材料齐全、符合法定形式。省级公安机关消防机构应当在受理后20日内完成审查并作出注册决定,领发相应级别的注册证、执业印章,并进行社会公告。对不予注册的情况,应当出具不予注册决定书并说明理由。在整个注册过程中,申请人需密切关注审批进度和补正要求,以确保顺利完成注册流程。