二级消防工程师证书在新疆的注册流程与全国其他地区相似。申请人应当通过聘用单位向所在地的省级或地(市)级公安机关消防机构提交注册申请材料。公安机关收到申请材料后进行受理,对齐全、符合法定形式的材料出具受理凭证;不齐全或不符合法定形式的材料应当告知申请人补正。省级公安机关消防机构在受理之日起二十日内进行审批,并作出注册决定。注册决定作出后,省级公安机关消防机构应当领发相应级别的注册证、执业印章,并向社会公告。对于不予注册的情况,应当出具不予注册决定书并说明理由。以上是二级消防工程师证书在新疆的注册流程。